Todas as espécies de plantas de caule lenhoso podem ser utilizadas para se obter um bonsai, exceto as que têm frutos ou folhas muito grandes. Isso porque no bonsai a genética da planta não é alterada e ele teria proporções fora do comum entre o tamanho de seus frutos ou folhas e seu tamanho total, o que não representaria um cenário da natureza.
A seguir, estão relacionadas algumas espécies, entre dezenas de outras, que podem ser utilizadas para se obter um bonsai:
Ácer Japonês (Acer palmatum): existem aproximadamente 250 espécies com folhas de diferentes cores que vão do vermelho- vivo ao verde-claro. As espécies japonesas são as mais apreciadas para bonsai, embora existam outras fora do Japão, tais como o Ácer de montanha e o Ácer Ginnala.
Oliveira (Olea europaea): É muito apreciada porque sua casca, sendo nodosa, lhe confere uma rara beleza.
Romãzeira (Punica granatum): Esta é uma árvore também muito apreciada por sua casca nodosa, o que lhe confere uma aparência de maturidade. Existe uma variedade anã, com frutos bem pequenos, muito apreciada para bonsai.
Pinheiros (Pinus): as cultivares mais apreciadas são as japonesas Pinheiro Branco, Pinheiro Negro e Pinheiro Vermelho.
Buxo (Buxus): as cultivares Microphylla do Japão e a Sempervirens são as mais apreciadas. Não se tratando de uma árvore, mas de um arbusto, é ideal para bonsai de médio tamanho.
